As culturas do arroz e do milho ocupam mais de 90% da superfície agrícola útil do Vale. Mas o cultivo do arroz — mais exigente em termos de necessidades hídricas — continua a ser predominante, mesmo em algumas áreas mais a montante. Este facto levou a adoptar para todo o Vale uma rede de irrigação secundária adaptada à cultura orizícola, possibilitando a sua viabilização sem quaisquer restrições.
O estuário do Mondego está sujeito a um grande stress ambiental devido à descarga de efluentes domésticos e industriais não tratados e à actividade intensiva de orizicultura e aquicultura.
O braço norte é mais profundo (4 a 8 metros versus 2 a 3m, em preia-mar) e recebe o caudal fluvial do rio Mondego, já que o assoreamento ocorrido na secção montante do braço sul apenas recebe o escoamento fluvial do rio Pranto, que é controlado por comportas destinadas a assegurar as quantidades de água necessárias à orizicultura e a impedir a intrusão de água salina durante a preia-mar.
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